Seiring dengan dicanangkannya Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga menjadi perpustakaan berkelas internasional, maka Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga sebagai salah satu perpustakaan perguruan tinggi dari tahun ke tahun mengalami peningkatan, baik jumlah dan jenis koleksi maupun pengguna potensial. Hal ini menuntut pihak manajemen perpustakaan untuk meningkatkan profesionalitas kerjanya, baik dalam pengelolaan sumber-sumber informasi yang ada di perpustakaan maupun penyebaran informasi tersebut ke pengguna perpustakaan.

Dalam kurun waktu 5 tahun ini perkembangan sistem teknologi informasi di Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga mengalami kemajuan yang cukup berarti. Pada tahun 2000 sistem informasi perpustakaan yang menggunakan software CDS/ISIS telah merambah ke hampir semua bagian yang ada di UPT Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga, terutama di bagian pengolahan, sirkulasi, administrasi, dan penelusuran katalog melalui OPAC (on Line Public Acces Catalogue). Software CDS/ISIS merupakan paket program basis data yang digunakan untuk mengolah data yang dibuat oleh UNESCO dan didistribusikan secara free. Khusus Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga telah menggunakan versi 3,08 dan telah dikembangkan dengan nama ISIS Plus versi 5 E. Karena belum semua buku selesai diinput, maka pada tahun 2001 dalam proses peminjaman dan pengembalian buku masih menggunakan semi automasi, yaitu melayani transaksi baik secara automasi maupun manual. Baru pada tahun 2002 karena semua buku sudah selesai diinput ke dalam program CDS/ISIS, maka pelayanan sirkulasi buku dilakukan dengan full automasi.

Sejalan dengan perkembangan Teknologi Informasi yang pesat serta guna memenuhi kelancaran layanan kepada pengguna, pada akhir tahun 2003 dilakukan up grade software dari under Dos CDS/ISIS Plus menjadi under window dengan basis web yang diberi nama SIPRUS (Sistem Informasi Perpustakaan). Dalam program SIPRUS semua unit kerja yang ada di Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga sudah memiliki menu yang berkaitan dengan bidang kerja masing-masing unit tersebut.

Dengan program SIPRUS komunikasi antara mahasiswa sebagai user dengan pihak pengelola perpustakaan UIN Sunan Kalijaga dapat berjalan dengan lancar. Hal ini karena terdapat menu "buku tamu" sehingga mahasiswa dapat menyampaikan usul, saran, maupun kritik kepada perpustakaan UIN Sunan Kalijaga. Selanjutnya, pihak pengelola perpustakaan UIN Sunan Kalijaga dapat menjawab secara langsung melalui menu buku tamu tersebut. Selain itu, mahasiswa juga dapat mengusulkan bahan pustaka yang diinginkan melalui menu "pesanan anggota".

Pada awal tahun 2008 perkembangan software perpustakaan semakin meningkat dengan hadirnya ELiMS sebagai partner kerja dari SIPRUS, yang menggunakan teknologi RFID. Mulai bulan Maret 2008 Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga sudah mengimplementasikan perangkat MPS dari ELiMS sebagai transaksi secara mandiri, baik peminjaman maupun pengembalian. Perangkat MPS ini berada di lantai 3. Direncanakan dalam waktu dekat akan di operasionalkan perangkat Bookdrop untuk pengembalian koleksi secara full time 24 jam.

Dalam rangka melengkapi sarana multi media, saat ini Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga sedang membuat digital library dengan menggunakan software open source dari ITB yaitu GDL (Ganesa Digital Library). Sistem ini dapat menjawab semua permasalahan yang ditimbulkan dalam pengelolaan data dokumen yang terkadang sangat merepotkan.Untuk bisa mengakses digital library perpustakaan bisa melalui http://digilib.uin-suka.ac.id.

Selain itu, perpustakaan saat ini telah mempunyai alamat web, yaitu: 1. http://perpustakaan.uin-suka.info 2. http://perpustakaan.uin-suka.ac.id

Bagi semua pemustaka perpustakaan UIN Sunan Kalijaga bisa mengakses alamat tersebut.